Dokumentenmanagement in der Apotheke

Stand: 11. November 2026

In einer Apotheke kommen jeden Tag Unterlagen an: Rechnungen, E‑Rechnungen, Kontoauszüge, Briefe von Kammern und Krankenkassen, Verträge und Bescheide. Dazu kommt die Dokumentation, die die Apothekenbetriebsordnung verlangt. Ein Dokumentenmanagement legt alles an einer Stelle ab, sodass Sie jedes Dokument wiederfinden und die Fristen einhalten. Dieser Ratgeber zeigt, was Sie wie lange aufbewahren, was die GoBD verlangen und was ein Dokumentenmanagementsystem (DMS) für Ihre Apotheke können sollte.

Welche Unterlagen in der Apotheke anfallen

Belege der Buchhaltung. Eingangs- und Ausgangsrechnungen, E‑Rechnungen, Quittungen, Kontoauszüge und die Abrechnungen des Apothekenrechenzentrums.
Post. Briefe von Kammern, Behörden, Krankenkassen und Lieferanten, Bescheide, Ihre eigenen Briefe und Mahnungen.
Verträge. Miete, Versicherungen, Wartung, Leasing und Verträge mit Lieferanten.
Dokumentation nach der Apothekenbetriebsordnung. Die Aufzeichnungen über Herstellung, Prüfung und Lagerung von Arzneimitteln (§ 22 ApBetrO) und die Unterlagen Ihres Qualitätsmanagementsystems, mit dem Sie die betrieblichen Abläufe festlegen und dokumentieren (§ 2a ApBetrO).
Betäubungsmittel. Der Nachweis über Zu- und Abgänge (§ 13 BtMVV). Ihn führen Sie in der Regel in der Warenwirtschaft.

Wie lange Sie Unterlagen aufbewahren

10 Jahre für Bücher, Inventare, Jahresabschlüsse und die Eröffnungsbilanz (§ 147 AO).
8 Jahre für Buchungsbelege, also Rechnungen, Quittungen und Kontoauszüge (§ 147 AO).
6 Jahre für empfangene und abgesandte Handels- und Geschäftsbriefe (§ 147 AO).
Mindestens 5 Jahre für die Aufzeichnungen nach der Apothekenbetriebsordnung, und mindestens bis ein Jahr nach Ablauf des Verfalldatums (§ 22 Abs. 1 ApBetrO).
3 Jahre für den Nachweis über Betäubungsmittel, gerechnet von der letzten Eintragung (§ 13 BtMVV).

Die Fristen der Abgabenordnung beginnen mit dem Ende des Kalenderjahres, in dem die Unterlage entstanden ist.

Was die GoBD verlangen

Die GoBD beschreiben, wie die Finanzverwaltung eine digitale Buchführung und Ablage erwartet. Für Ihr Archiv heißt das vor allem:

Nichts verändern. Buchungen und Aufzeichnungen dürfen nicht so verändert werden, dass der ursprüngliche Inhalt nicht mehr feststellbar ist (§ 146 Abs. 4 AO).
Im Originalformat aufbewahren. Elektronisch eingegangene Belege und Briefe bewahren Sie in dem Format auf, in dem sie gekommen sind, etwa eine E‑Rechnung als XML-Datei oder einen Kontoauszug als PDF (GoBD Rz. 131). Bei einer E‑Rechnung genügt der strukturierte Teil, solange das PDF keine zusätzlichen steuerlich wichtigen Angaben enthält.
Jederzeit lesbar. Während der ganzen Frist müssen die Daten verfügbar sein, sich unverzüglich lesbar machen und maschinell auswerten lassen (§ 147 Abs. 2 AO).
Beschreiben, wie Sie arbeiten. Wie Unterlagen in Ihrer Apotheke ankommen, geprüft und abgelegt werden, beschreiben Sie in einer Verfahrensdokumentation.

Wie Sie E‑Rechnungen empfangen und prüfen, steht im Ratgeber E‑Rechnung in der Apotheke.

Papierbelege scannen

Papierbelege dürfen Sie als Scan aufbewahren, wenn das den Grundsätzen ordnungsmäßiger Buchführung entspricht. Bei Buchungsbelegen und empfangenen Briefen muss der Scan bildlich mit dem Original übereinstimmen (§ 147 Abs. 2 AO). Jahresabschlüsse und die Eröffnungsbilanz bewahren Sie immer im Original auf.

Wie Sie scannen und den Scan prüfen, gehört in Ihre Verfahrensdokumentation. Ob Sie das Papier danach vernichten dürfen, klären Sie am besten mit Ihrem Steuerbüro.

Auch die Aufzeichnungen nach der Apothekenbetriebsordnung dürfen Sie elektronisch führen und aufbewahren, wenn die Daten während der ganzen Frist verfügbar sind. Wo die Verordnung ein Namenszeichen verlangt, ersetzt es dann eine elektronische Signatur (§ 22 Abs. 2 ApBetrO).

Warenwirtschaft und Dokumentenmanagement

Die Warenwirtschaft ist für Artikel, Bestellungen und den Verkauf gemacht. Ein Dokumentenmanagement nimmt alle Unterlagen auf, auch die, die mit der Ware nichts zu tun haben: Briefe, Verträge, Bescheide und die Rechnungen für Miete oder Wartung.

Beide sollten zusammenarbeiten. Was die Warenwirtschaft an Rechnungen schreibt, gehört ins selbe Archiv wie alle anderen Belege. Dann suchen Sie nur an einer Stelle, und Ihr Steuerbüro findet alles vollständig.

Was ein DMS für die Apotheke können sollte

Belege kommen ohne Umweg hinein: per E‑Mail, per Fax, vom Scanner oder als hochgeladene Datei.
E‑Rechnungen kann es lesen und prüfen.
Von der Rechnung und der Zahlung kommen Sie direkt zum Beleg.
Jedes Dokument finden Sie über Lieferant, Betreff oder Suchwörter wieder.
Ein Postbuch mit Terminen zeigt, was noch zu erledigen ist.
Jeder im Team sieht nur, was er braucht.
Ihr Steuerbüro arbeitet mit, ohne dass Sie Belege hinbringen müssen.
Mehrere Apotheken führen Sie getrennt, aber in einer Anwendung.

Worauf Sie bei der Buchhaltung achten sollten, steht im Ratgeber Buchhaltungssoftware für Apotheken.

Wie Mandant3 Ihre Unterlagen ordnet

Mandant3 verbindet Dokumentenmanagement und vorbereitende Buchhaltung in einer Anwendung, gemacht für Apotheken. Beides ist GoBD‑konform, mit geringstem Aufwand für Sie.

Belege kommen per E‑Mail, per Fax oder vom Scanner, und Dateien laden Sie direkt im Browser hoch. Alle neuen Belege liegen an einer Stelle für Sie bereit.
Im Postbuch finden Sie jeden Brief über Geschäftspartner, Betreff und Suchwörter wieder. Briefe, Faxe, E‑Mails und Anrufe tragen Sie mit Termin ein. Ihre eigenen Briefe schreiben Sie mit Ihrem Briefkopf in Mandant3.
Den Beleg zu einer Rechnung öffnen Sie mit einem Klick, auch aus der Zahlung.
Die Suche findet Belege, Post, Rechnungen und Buchungen, auch über den Text aller Belege und mandantenübergreifend.
Mandant3 validiert automatisch eingehende E‑Rechnungen und warnt bei Auffälligkeiten.
Rechnungen, die Ihre Warenwirtschaft schreibt, stehen samt PDF in Mandant3.
Jeder im Team sieht nur, was er braucht. Rechte gibt es einzeln für Rechnungseingang, Rechnungsausgang, Buchen, Kasse und Verwaltung.
Ihr Steuerbüro hat einen eigenen Zugang zu Mandant3 und damit jederzeit Zugriff auf Ihre Daten.
Jede Apotheke beziehungsweise jede Firma führen Sie als eigenen Mandanten.

Häufige Fragen

Wie lange muss eine Apotheke Rechnungen aufbewahren?

8 Jahre, gerechnet ab dem Ende des Jahres, in dem die Rechnung entstanden ist. Bücher und Jahresabschlüsse bewahren Sie 10 Jahre auf, Geschäftsbriefe 6 Jahre.

Darf ich Papierbelege scannen?

Ja, wenn der Scan bildlich mit dem Original übereinstimmt und während der ganzen Frist lesbar bleibt. Beschreiben Sie das Scannen in Ihrer Verfahrensdokumentation. Jahresabschlüsse und die Eröffnungsbilanz bleiben im Original.

Muss ich eine E‑Rechnung ausdrucken?

Nein. Sie bewahren die E‑Rechnung in dem Format auf, in dem sie gekommen ist, etwa als XML-Datei. Ein Ausdruck ersetzt sie nicht.

Brauche ich neben der Warenwirtschaft ein Dokumentenmanagement?

Die Warenwirtschaft kennt die Rechnungen zur Ware. Briefe, Verträge, Bescheide und die übrigen Rechnungen liegen woanders. Ein Dokumentenmanagement bringt alles an eine Stelle, und mit Mandant3 stehen auch die Rechnungen Ihrer Warenwirtschaft darin.

Quellen

Dieser Ratgeber ersetzt keine Steuerberatung.